Le CRSF n'est pas directement impliqué dans la protection des espèces, sa mission principale étant la collecte, le traitement et la mise à disposition de données floristiques (fougères et plantes à fleurs). Sur la base de ces données, il élabore des outils de travail tels que la Liste des espèces prioritaires, la Liste rouge, les Fiches pratiques ou les cartes de répartition actuelles.

Sont actifs dans le domaine de la protection des espèces et des biotopes, entre autres: la Confédération (OFEV [1] [2]), les cantons (AFU – Offices cantonaux de la protection de l'environnement de Suisse), la CPS (Commission suisse pour la Protection des plantes Sauvages), les organisations de protection de la nature (p. ex. Pronatura, WWF) mais également les Universités et les jardins botaniques, qui commandent régulièrement des données auprès du CRSF ou qui échangent des données avec lui.